在重力和氣流的作用下，分層效應取決于顆粒本身的密度、大小和性狀，三者之間的影響是相互交錯的，密度不同、大小不等或性狀各異的物料，利用比重清選是很難分離的。因此，比重清選機一般配置在風篩清選機和窩眼清選機后，是配置在分級機后，以獲得大小和性狀基本一致的代加工物料，分選性能也越佳。如果差異密度過小，分層效果會變差，性能再好的比重請選機也很難把他們區分開來。對于濕度較大的物料，如果水分超過16%，由于種子和雜質的密度差異變小，分層效果不佳，影響風選效果。濕度過大的大粒種子，由于顆粒較重，風力難以匹配，通常不能實現分離。對于容易粘連的物料，若帶芒或帶毛的種子，也不易分層和流動，從而難以分選。因此，比重清選機只能適應干燥的松散型顆粒狀物料，且大小和性狀基本相似，密度有一定的差別。